| 1. | Horná Orava | 58,738.0000 | Žilina Region - Dolný Kubín, Námestovo, Tvrdošín |
| 2. | Malé Karpaty | 50,633.6000 | Bratislava Region - Bratislava III, Bratislava IV, Malacky, Pezinok, Trenčín Region - Myjava, Trnava Region - Piešťany, Senica, Trnava |
| 3. | Lehnice | 2,346.8500 | Trnava Region - Dunajská Streda |
| 4. | Sysľovské polia | 1,772.9400 | Bratislava Region - Bratislava V |
| 5. | Dolné Považie | 31,195.5000 | Nitra Region - Komárno, Nové Zámky |
| 6. | Tribeč | 23,802.8000 | Nitra Region - Nitra, Topoľčany, Zlaté Moravce, Trenčín Region - Partizánske |
| 7. | Ostrovné lúky | 8,297.7000 | Nitra Region - Komárno, Trnava Region - Dunajská Streda |
| 8. | Ondavská rovina | 15,906.5600 | Košice Region - Michalovce, Trebišov |
| 9. | Poiplie | 8,062.9000 | Banská Bystrica Region - Lučenec, Veľký Krtíš, Nitra Region - Levice |
| 10. | Kráľová | 1,215.8200 | Nitra Region - Šaľa, Trnava Region - Galanta |
| 11. | Košická kotlina | 17,354.3100 | Košice Region - Košice - okolie, Košice II |
| 12. | Parížske močiare | 376.5800 | Nitra Region - Nové Zámky |
| 13. | Poľana | 32,188.3800 | Banská Bystrica Region - Banská Bystrica, Brezno, Detva, Zvolen |
| 14. | Bukovské vrchy | 40,932.4200 | Prešov Region - Snina |
| 15. | Medzibodrožie | 33,753.7000 | Košice Region - Michalovce, Trebišov |
| 16. | Dolné Pohronie | 229.3200 | Nitra Region - Komárno, Levice, Nové Zámky |
| 17. | Cerová vrchovina – Porimavie | 30,187.7000 | Banská Bystrica Region - Lučenec, Revúca, Rimavská Sobota |
| 18. | Žitavský luh | 155.4000 | Nitra Region - Nitra, Nové Zámky |
| 19. | Sĺňava | 509.2700 | Trnava Region - Piešťany |
| 20. | Uľanská mokraď | 18,173.9100 | Bratislava Region - Senec, Trnava Region - Galanta, Trnava |
| 21. | Dunajské luhy | 16,511.5800 | Bratislava Region - Bratislava II, Bratislava IV, Bratislava V, Senec, Nitra Region - Komárno, Nové Zámky, Trnava Region - Dunajská Streda |
| 22. | Strážovské vrchy | 58,673.0800 | Trenčín Region - Bánovce nad Bebravou, Ilava, Považská Bystrica, Prievidza, Púchov, Trenčín, Žilina Region - Bytča, Žilina |
| 23. | Dubnické štrkovisko | 40.7700 | Trenčín Region - Ilava, Trenčín |
| 24. | Senianske rybníky | 2,668.4700 | Košice Region - Michalovce, Sobrance |
| 25. | Laborecká vrchovina | 102,813.9100 | Prešov Region - Humenné, Medzilaborce, Snina, Stropkov, Svidník |
| 26. | Muránska planina – Stolica | 25,796.4600 | Banská Bystrica Region - Brezno, Revúca, Rimavská Sobota, Košice Region - Rožňava |
| 27. | Veľkoblahovské rybníky | 91.3400 | Trnava Region - Dunajská Streda |
| 28. | Nízke Tatry | 98,168.5200 | Banská Bystrica Region - Banská Bystrica, Brezno, Prešov Region - Poprad, Žilina Region - Liptovský Mikuláš, Ružomberok |
| 29. | Slovenský kras | 43,860.2400 | Košice Region - Košice - okolie, Rožňava |
| 30. | Slanské vrchy | 60,247.4200 | Košice Region - Košice - okolie, Trebišov, Prešov Region - Prešov, Vranov nad Topľou |
| 31. | Veľká Fatra | 47,445.0100 | Banská Bystrica Region - Banská Bystrica, Žilina Region - Martin, Ružomberok, Turčianske Teplice |
| 32. | Vihorlatské vrchy | 48,286.2639 | Košice Region - Michalovce, Sobrance, Prešov Region - Humenné, Snina |
| 33. | Volovské vrchy | 121,420.6500 | Košice Region - Gelnica, Košice - okolie, Košice I, Rožňava, Spišská Nová Ves, Prešov Region - Prešov |
| 34. | Záhorské Pomoravie | 33,067.9900 | Bratislava Region - Bratislava IV, Malacky, Trnava Region - Senica, Skalica |
| 35. | Malá Fatra | 66,228.0600 | Trenčín Region - Prievidza, Žilina Region - Dolný Kubín, Martin, Námestovo, Ružomberok, Žilina |
| 36. | Slovenský raj | 25,243.0000 | Banská Bystrica Region - Brezno, Košice Region - Rožňava, Spišská Nová Ves, Prešov Region - Poprad |
| 37. | Tatry | 54,611.2900 | Prešov Region - Poprad, Žilina Region - Liptovský Mikuláš, Tvrdošín |
| 38. | Chočské vrchy | 16,817.5000 | Žilina Region - Dolný Kubín, Liptovský Mikuláš, Ružomberok |
| 39. | Špačinsko-nižnianske polia | 5,533.5300 | Trnava Region - Piešťany, Trnava |
| 40. | Čergov | 35,849.7100 | Prešov Region - Bardejov, Prešov, Sabinov, Stará Ľubovňa |
| 41. | Levočské vrchy | 45,597.6347 | Prešov Region - Kežmarok, Levoča, Sabinov, Stará Ľubovňa |